خوردگی یا اکسید شدن نوک ترموکوپل
در محیط‌های خورنده یا دمای بالا، نوک حسگر ممکن است دچار زنگ‌زدگی یا اکسید شده و انتقال حرارت و سیگنال را مختل کند. مشاهده‌ی پوسته‌پوسته شدن فلز یا تغییر رنگ نوک ترموکوپل نشان‌دهنده‌ی مشکل است. برای جلوگیری از این ایراد، از غلاف‌های استیل ضدزنگ یا سرامیکی استفاده کنید و دوره‌ای (مثلاً هر شش ماه) نوک را با سمباده نرم یا فرچه‌ی ضدسایش تمیز نمایید.
اختلاف دما بین نقطه اندازه‌گیری و نقطه مرجع (Cold Junction)
اگر محل اتصال سیم‌های جبران‌ساز (کابل سرد) به کنترلر در دمای متفاوتی نسبت به محل نصب ترموکوپل باشد، اندازه‌گیری دچار خطای جبران‌نشده می‌شود. برای رفع این مشکل، از کابل‌های جبران‌ساز هم‌تیپ با سیم ترموکوپل استفاده کنید و یا دستگاه کنترلر را به‌گونه‌ای کالیبره نمایید که دمای محیط اتصال Cold Junction را خودکار جبران کند.
راهنمای حل مشکلات رایج در استفاده از ترموکوپل‌ها
نویز الکتریکی و سیگنال‌های نادرست
در کارگاه‌ها یا کنار موتورهای قوی، تداخل الکترومغناطیسی ممکن است ولتاژ چند میلی‌ولتی ترموکوپل را مخدوش کند. علامت آن نوسان شدید عدد دماست. برای کاهش نویز، از کابل‌های شیلددار و اتصال شیلد به زمین و نیز فیلترهای الکترونیکی (Low‑Pass) در ورودی کنترلر استفاده کنید. سیم‌کشی را از مسیر کابل‌های قدرت و موتورها دور نگه دارید.